Carlos, para usar o root no ubuntu, é simples no prompt de comando digite;

root@marcio:~# sudo passwd root
vai ser solicitado a digitação da nova senha.
Digite a nova senha UNIX:
Depois de trocar a senha, click em Sistema>>Administração>>Janela de Inicio de Sessão,
e na aba Segurança, habilite >> Permitir inicio de sessão do Adminsitrador.
Para conseguir logar via GDM, modo gráfico com o root.
Agora Carlos, quanto a usar ou não a conta root, é uma questão de segurança, praticidade e gosto pessoal.
Por padrão todo mundo fala para não usar a conta root, no dia a dia, por questões de segurança, e pelo fato de qualquer descuido você pode danificar seu sistema, com um unico comando.

Eu acho que, se você se sente seguro, pode usar, agora tenha em mente tudo isso que eu falei.
Veja aqui nesse post alguns comandos mortais no LInux.
Agora sobre a duvida quanto aos comandos su e sudo, eu elaborei um pequeno texto que pode te ajudar.
Veja as diferenças dos comandos su e sudo abaixo.
Abraços e espero ter ajudado.
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Post original de 26 de Abril de 2008 10:48 pm
O Comando su e sudo
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Moura, a forma como o Linux trata usuários e permissões não é igual a que você encontra no Windows. No Linux, assim como nos sistemas Unix em geral, o sistema conta com o superusuário, ou seja, o root que é a conta administrativa e considerada como uma conta com acesso full ao sistema, enquanto
os usuários normais não.
Portanto, para instalar, remover, e realizar demais configurações do sistema é necessário estar logado como root. Os usuarios normais não conseguem nem executar um $ifconfig, por exemplo, para simplesmente ver o ip da máquina, entre outras várias limitações.
Porém, quando você esta logado com um usuário normal, pode ainda
executar o comando;
$su >>
Ao executar o comando su, é solicitado a senha do root e você recebe os direitos de superusuário da conta root.
Quando um usuário executa o comando su, ele precisa entrar com a senha do root e, após a autenticação, receberá uma solicitação de janela da root.
Uma vez autenticado por meio do do comando su, o usuário é o usuário root e tem acesso administrativo total ao sistema. Além disso, ao se tornar um usuário root, é possível que ele use o comando su para assumir a identidade de qualquer outro usuário no sistema sem precisar entrar com a respectiva senha.
$sudo comando >>
O comando sudo oferece outra abordagem para permitir que usuários tenham acesso administrativo. Nele é possível definir quem pode utilizá-lo e quais comandos podem ser executados por esses usuários.
A configuração do sudo é feita, geralmente, por meio do arquivo
/etc/sudoers.
Então, após a autenticação, o comando administrativo é executado como se o usuário fosse o root.
Moura espero ter ajudado, qualquer duvida deixe um comentário.
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